Členitý reliéf Muránskej planiny vytvára mimoriadne pestré stanovištné podmienky vhodné pre existenciu živočíchov s rôznymi ekologickými nárokmi. Jej geografická poloha blízko panónskej oblasti vytvorila predpoklady na spoločnú prítomnosť horských karpatských druhov s niektorými teplomilnými panónskymi druhmi.
Odľahlé a často ťažko prístupné zákutia národného parku poskytujú nerušený priestor pre život mnohých, dnes už vzácnych a ohrozených druhov živočíchov. Lesy Muránskej planiny sú dodnes domovom veľkých karpatských šeliem – vlka dravého (Canis lupus), medveďa hnedého (Ursus arctos), rysa ostrovida (Lynx lynx) i mačky divej (Felis silvestris). Horské potoky, ktoré sa postupne vlievajú do nižšie položených riek, vytvárajú ideálne podmienky pre prítomnosť niektorých pôvodných druhov rýb a ostatných druhov vodných živočíchov. Prítomnosť rýb vo vodných tokoch je nevyhnutnou podmienkou pre výskyt nášho vzácneho vodného predátora – vydry riečnej (Lutra lutra). Tá sa vyskytuje prakticky vo všetkých dolinách, ktoré disponujú výdatným vodným tokom. Vydre v potokoch nezriedka konkuruje vzácny bocian čierny (Ciconia nigra). V starých lesných porastoch ochranných lesov a na početných neprístupných skalných zrázoch nachádzajú vhodné podmienky pre výskyt a hniezdenie viaceré druhy dravcov i sov. Medzi najvzácnejšie patria orol skalný (Aquila chrysaetos), sokol sťahovavý (Falco peregrinus), sova dlhochvostá (Strix uralensis), kuvičok vrabčí (Glaucidium passerinum), či pôtik kapcavý (Aegolius funereus). Smrekové lesy najvyšších polôh Muránskej planiny obýva vzácny a ohrozený tetrov hlucháň (Tetrao urogallus), náš najväčší predstaviteľ kurovitých vtákov na Slovensku. Vysoký počet nesprístupnených jaskynných priestorov zas vytvára výborné podmienky pre zimovanie netopierov. Z tohto hľadiska je Muránska planina jedným z najvýznamnejších území Slovenska. Z celkového počtu 28 na Slovensku sa vyskytujúcich druhov netopierov tu žije 26 druhov. Najčastejšie sa tu vyskytujú podkovár malý (Rhinolophus hipposideros), podkovár veľký (Rhinolophus ferrumequinum), netopier obyčajný (Myotis myotis), uchaňa čierna (Barbastella barbastellus) a netopier brvitý (Myotis emarginatus). Vzácne je možné natrafiť na podkovára južného (Rhinolophus euryale) a lietavca sťahovavého (Miniopterus schreibersi).
Fauna stavovcov je na Muránskej planine naozaj početná a pestrá – výskumy dosiaľ preukázali prítomnosť viac ako 270 druhov. Mimoriadne bohatá je však aj fauna bezstavovcov. Ich počet presahuje viac ako 2700 druhov, medzi ktorými nájdeme aj viaceré vzácne druhy i miestne endemity. Medzi endemity Muránskej planiny patrí behúnik (Duvalius szaboi szaboi), chrobák skryte žijúci v ústiach jaskynných priestorov. Na južných úbočiach Muránskej planiny v dubových hrabinách žije ďalší endemický druh chrobáka – snehulčík (Malthodes muraniensis). Na lesostepné lokality s výskytom jarvy obyčajnej je viazaná skočka (Dibolia oudai), endemit Muránskej planiny a Slovenského krasu.